Das jetzige Museumsgebäude an der Bäderstraße im Ortskern von Cismar wurde etwa 1880 gebaut. Am Südostende des heutigen Museumsgrundstückes stand eine 1863 erbaute Wind- und Dampfmühle. Neben ihr wurde damals der "Gasthof zur Mühle" errichtet. Als 1897 die Mühle abbrannte, hat man einige Zeit später den Gasthof in "Lindenhof" umbenannt, später standen auch zwei große Linden an der Straße vor dem Haus.
Die Gaststätte wurde 1928 umgebaut und erhielt mit einem Anbau (Richtung Südseite) ihre jetzige Länge, der Eingang war danach nicht mehr in der Mitte der Straßenfront. Inzwischen war auf der gegenüberliegenden Straßenseite das ehemalige "Pastorat" gebaut worden. Auf der Nordseite grenzte an das Grundstück des Gasthofes die ehemalige Post-Haltestelle neben der Bäckerei. Im überbauten Zwischenraum zwischen Gasthof und Post-Haltestelle wurden die Postpferde untergebracht. Im dritten Reich wurden Grundstück und Gasthof auch als Ausbildungslager genutzt. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurden die kleinen gleichartigen Rundbogenfenster durch größere Schaufenster (im Erdgeschoss) ersetzt. In den Zwischenraum zur ehemaligen Post zog eine Drogerie, im eigentlichen Gaststättengebäude befand sich neben dem Eingang zur Gaststätte auch ein Blumengeschäft. Der südliche Anbau wurde durch das Arbeitsamt und durch einen Uhrmacher genutzt. Nach Südosten schloss sich ein langgestreckter Saalanbau an, in dem Sportveranstaltungen und dörfliche Feste stattfanden. Nachdem in den Jahren bis etwa 1980 der "Lindenhof" als gut frequentierte Gaststätte genutzt wurde (nur der Blumenladen hatte sich außerdem gehalten), verstarb der Besitzer sehr plötzlich und das Gebäude wurde an einen Makler verkauft. Mehrere seiner Verkaufsversuche scheiterten, wobei Zwischenbesitzer jeweils größere Teile der vorhandenen Bausubstanz abbrachen, jedoch nicht wieder aufbauten, bis vom Gebäude nur noch eine Ruine ohne Dach und Zwischendecken verblieben war. Der Wiederaufbau (siehe Museumsgeschichte) zum "Haus der Natur - Cismar" erfolgte unter Rückführung des Gebäudes auf seine alte Symmetrie und unter Wiederherstellung der Rundbogenfenster und der alten Verzierungen des Mauerwerks, so dass das historische Gebäude in seiner ursprünglichen Schlichtheit wieder erstand.
Einige frühere Besitzer des "Lindenhofes" sind bei Cismarer Bürgern noch gut bekannt:
Familie Hagen hat in den 1920er Jahren die Gaststätte geführt, mehrere Mitglieder der prominenten Grömitzer Familie wurden im "Lindenhof" geboren.
Familie Lau ist besonders durch Paul Lau (senior, den Boxer) und Paul "Pablo" Lau (junior, den später in Spanien ansässigen Künstler) bekannt.
Familie Becker führte den Gasthof als Hotel und Restaurant bis Anfang der 1980er Jahre.
